這一時期為我國封建專制制度走向腐朽沒落時期。明嘉靖之后，由于商品經濟的發展，在封建社會內部已經孕育著資本主義萌芽，手工業分工更加細致，紡織、冶煉、制瓷都非常發達，新興市民階層產生了初步的民主要求。這種資本主義的萌芽，受到了封建生產關系的種種限制，嚴重阻礙了生產力的發展，致使資本主義萌芽始終沒有得到真正的發展。明末封建統治集團已經極端腐敗，統治者窮奢極欲，貪污行賄，搜刮民財，階級矛盾和民族矛盾十分尖銳。在這種“天崩地解”的形勢下，農民起義不斷發生，李自成和張獻忠領導的農民大起義，是明末規模最大一次反對封建的階級斗爭。1644年，李自成領導的農民起義軍推翻了明王朝的腐朽統治。但由于農民起義軍政治上缺乏經驗，再加上吳三桂勾結清兵，農民勝利的果實，被清朝統治者奪取。清王朝建立之后，在政治上實行高壓政策，在思想上繼續以程朱理學為官方的正統思想，宣揚綱常名教，維護封建專制制度。進步思想家對封建專制統治極為不滿，要求對社會實行改革，批判宋明理學，反對理學禁錮人們的思想，這就成為明末清初在意識形態領域斗爭的主要任務。

明末清初哲學的主要特點，就是唯物主義在對先秦以來的唯心主義，特別是對唯心主義理學斗爭過程中，把中國古代樸素唯物主義和辯證法思想發展到最高水平。這一時期的哲學斗爭，繼續圍繞著理氣、道器、心物、知行、理欲、義利等問題而展開的。唯物主義哲學家王夫之、顏元、戴震和宋以來的程朱唯心主義理學進行斗爭。王夫之在對佛老唯心主義和宋明理學唯心主義批判過程中，建立了樸素唯物主義和樸素辯證法相結合的哲學體系。他繼承和發展了張載的唯物主義思想，認為“氣”是宇宙的本體，萬物的本原。說“太虛即氣，絪缊之本體”(《張子正蒙注》卷一)“陰陽二氣充滿太虛，此外更無他物，亦無間隙”(同上)。“氣”是不斷變化的，“聚則顯，顯則人謂之有；散則隱，隱則人謂之無。”“散而歸于太虛，復其絪缊之本體，非消滅也。聚而為庶物之生，自絪缊之常性，非幻成也。”(同上)強調“氣”有形態的變化，而其本體是不生不滅、不增不減。還提出“氣者，理之所依也”(《思問錄·內篇》)。認為“理”依賴于“氣”，無“氣”也就無“理”，“盡天地之間，無不是氣，即無不是理也”(《讀四書大全說》卷十)。“理”在“氣”中，“氣外更無虛托孤立之理”(同上)。肯定“氣”是根本的，離“氣”則無“理”，“理者，物之固然，事之所以然也。”(《張子正蒙注》卷五)駁斥了程朱的“理在氣先”的唯心主義觀點。在“道”與“器”的關系上，認為“器”是根本的，“天下惟器而已矣，道者器之道，器者不可謂之道之器也。”(《周易外傳》卷五)指出世界上只有“器”是唯一的存在，“據器而道存，離器而道毀。”(同上，卷二)“無其器則無其道”。還提出“分一為二”和“合二以一”的辯證法思想。說“一氣之中，二端既肇，摩之蕩之，而變化無窮。”(《張子正蒙源》卷一)指出“合二以一者，既分一為二之所固有矣。”(《周易外傳》卷五)論述了對立統一規律，并把這一規律概括為“分一為二”，即統一物分為兩個部分。“兩端者，虛實也，動靜也，聚散也，清濁也，其究一也。”(《思問錄·內篇》)“非有一，則無兩也。”(《張子正蒙源》卷一)沒有統一體，則不能構成矛盾。這種辯證法思想，是超過前人之創見。還論述了運動和靜止的關系。認為“方動即靜，方靜旋動，靜即含動，動不舍靜。”(《思問錄·外篇》)“靜也，動之靜也。”“廢然之靜，則是息矣。”(《思問錄·內篇》)靜止是運動的一種形式，不是絕對的靜止，也在運動。運動則是太虛所固有的屬性，是永恒的、絕對的。在肯定事物是永恒運動的同時，又提出“天地之化日新”的觀點，認為宇宙是不斷運動變化的，“日新之化”是事物發展的規律。如果“守其故物而不能日新，雖其未消，亦槁而死。”(《思問錄·外篇》)在認識論上提出“因所以發能”，“能必副其所”的思想，肯定“能”是“所”的反映，“能”必須符合“所”，就是說，人的主觀認識必須符合客觀實際。還批駁了朱熹的“知先行后”和王守仁的“知行合一”說。還強調“理勢合一”的歷史觀，認為郡縣制代替分封制，是“勢之所趨”，“理”之必然。之后，唯物主義思想家顏元，繼續批判了唯心主義理學，提出了他的重視經驗的唯物主義認識論。主張認識的對象是客觀的事物，指出“知無體，以物為體，猶之目無體，以形色為體也。”(《四書正誤》)還認為人在認識事物時，必須發揮認識的能動作用。反對“讀書靜坐”，提出求知在于實行，認為“讀書無他道，只要在行字著力”(《言行錄·第二》)。戴震在“天理”和“人欲”的問題上，提出人的情欲是自然的。說“人生而后有欲、有情、有知，三者，血氣心知之自然也。”(《孟子字義疏證》)肯定情欲是人的本性，離開了情欲就不成人。認為“理”不是脫離情欲的，“理也者，情之不爽失也。未有情不得而理得者也。”“今以情之不爽失為理，是理者存乎欲者也。”(同上)指出情欲的滿足就是“理”，“理存乎欲”中，反對“存天理，去人欲”的思想，揭露程朱所宣揚的“理”是統治者用以殺人的工具。

明末清初的哲學思想，在中國哲學發展史上占有重要的地位。它是我國古代樸素唯物主義和辯證法思想發展到的最高階段，為我國哲學史留下了豐富寶貴的遺產。特別是通過王夫之、顏元、戴震對唯心主義的批判，從根本上動搖了理學的“權威”，這就為我國近代資產階級哲學發展創造了有利的條件。